Het is echter bekend dat hij in de 15e eeuw een School of Navigation in Sagres, Portugal, heeft opgericht. Deze school, die geen formeel instelling was, maar eerder een centrum van leren en experimenten, speelde een cruciale rol bij de ontwikkeling van Portugese maritieme exploratie. Het trok wetenschappers, navigators, cartografen en scheepsbouwers aan die samenwerkten om nautische technieken te verbeteren en betere schepen te ontwerpen.
Dus, hoewel Prins Henry zelf niet naar een school ging, wordt hij gecrediteerd voor het opzetten van een School of Navigation, die cruciaal was voor het tijdperk van verkenning.