De hoofdpersonen van de show, Zack en Cody Martin, zijn tweelingbroers die bekend staan om hun ondeugende gedrag en minachting voor autoriteit. Naarmate de serie vordert, beginnen ze echter een groter gevoel van respect en eerbied te ontwikkelen jegens hun leeftijdsgenoten, leraren en ouders.
Een voorbeeld van respect in de show is de relatie van Zack en Cody met de kapitein van hun schip, de heer Moseby. Aanvankelijk zijn Zack en Cody voortdurend ongehoorzaam aan de regels van meneer Moseby en komen ze in de problemen. Naarmate de serie vordert, beginnen ze echter te beseffen dat meneer Moseby niet alleen een strikte discipliner is, maar ook een zorgzame en verantwoordelijke volwassene die opkomt voor hun belangen. Als gevolg hiervan beginnen Zack en Cody meer respect en eerbied te tonen jegens meneer Moseby, en uiteindelijk worden ze goede vrienden.
Een ander voorbeeld van respect in de show is Cody's relatie met zijn oudere broer, Zack. Zack is vaak de meer dominante en extraverte tweelingbroer, terwijl Cody verlegen en gereserveerd is. Naarmate de serie vordert, begint Cody echter een sterker gevoel van zelfvertrouwen en assertiviteit te ontwikkelen. Hij begint voor zichzelf op te komen en zijn mening te uiten, zelfs als deze verschilt van die van Zack. Als gevolg hiervan begint Zack meer respect en eerbied voor Cody te tonen, en uiteindelijk worden ze hechtere broers.
Over het algemeen is het thema eerbied een belangrijk thema in The Suite Life of Zack &Cody on Deck. Het laat zien hoe de personages elkaar leren respecteren en waarderen, en hoe dit leidt tot sterkere relaties en een harmonieuzere leefomgeving.