Terwijl Rorschach dieper graaft, ontdekt hij een samenzwering waarbij een groep gekostumeerde burgerwachten betrokken is, bekend als de Minutemen, die actief waren in de jaren veertig en vijftig. Hij leert ook over een stof genaamd "Prometheus", die de kracht heeft om mensen superkrachten te geven.
Rorschach werkt samen met Nite Owl, een voormalige superheld die nu met pensioen is, en Dr. Manhattan, een krachtig en goddelijk wezen dat is gemaakt door Veidt. Samen confronteren ze Veidt en ontdekken dat hij het brein achter de samenzwering is. Het plan van Veidt is om Prometheus te gebruiken om een grote stad te vernietigen, waardoor de wereld in angst wordt verenigd en een nucleaire oorlog wordt voorkomen.
Rorschach, Nite Owl en Dr. Manhattan proberen Veidt tegen te houden, maar ze zijn te laat. Veidt laat de bom tot ontploffing komen, waardoor New York City wordt verwoest en miljoenen mensen omkomen. De nasleep van de ramp laat de wereld achter in chaos en onzekerheid.
The Watchmen is een complex en moreel dubbelzinnig verhaal dat thema's als heldendom, eigenzinnigheid en de aard van goed en kwaad onderzoekt. Het is ook een commentaar op de Koude Oorlog en de dreiging van een nucleaire oorlog.