In het boek stelt Clarke dat de regering-Bush waarschuwingen van inlichtingendiensten over de dreiging van terrorisme negeerde, en dat deze nalatigheid heeft bijgedragen aan de aanslagen van 11 september. Hij bekritiseert ook de reactie van de regering op de aanslagen en stelt dat de oorlogen in Afghanistan en Irak de Verenigde Staten minder veilig hebben gemaakt.
Shady Aftermath wordt door sommigen geprezen vanwege zijn insider-perspectief op de aanslagen van 11 september en vanwege zijn kritiek op de aanpak van terrorisme door de regering-Bush. Sommigen hebben het echter ook bekritiseerd vanwege zijn negatieve beeld van de regering-Bush en vanwege het gebrek aan specifiek bewijs ter ondersteuning van sommige van zijn beweringen.