Danforth was vanaf het begin bij de processen betrokken en was bij veel van de onderzoeken en hoorzittingen aanwezig. Hij ondervroeg de verdachten vaak en drong er bij hen op aan hun schuld te bekennen. Hij speelde ook een rol bij de veroordeling van de verdachten en ondertekende veel van de doodvonnissen.
De acties van Danforth tijdens de processen zijn breed bekritiseerd door historici en juridische experts. Hij wordt vaak gezien als een symbool van de excessen van de heksenprocessen in Salem en de gevaren van het toestaan dat hysterie en vooroordelen de rede en gerechtigheid laten prevaleren.