Hiro Nakamura is een van de weinige helden die erin is geslaagd op vrije voeten te blijven. Hij heeft zijn tijdreisvaardigheden gebruikt om mensen te redden en rampen te voorkomen, maar hij is zich er ook van bewust dat de wereld nog steeds met een grote bedreiging wordt geconfronteerd.
De belangrijkste slechterik van het seizoen is een nieuw personage genaamd Erica Kravid, het hoofd van een wereldwijd media-imperium dat in het geheim de gebeurtenissen achter de schermen manipuleert. Erica is vastbesloten de controle over de regeringen van de wereld over te nemen en elke bedreiging voor haar macht, inclusief helden en schurken, te elimineren.
Terwijl Erica's plannen werkelijkheid worden, moeten de helden nog een laatste keer samenwerken om haar tegen te houden en de wereld te redden. Het laatste seizoen culmineert in een strijd tussen de krachten van goed en kwaad, waarbij de helden uiteindelijk de overhand krijgen en de vrede in de wereld herstellen.