De martelkamer bevond zich in de kelder van de toren en bestond uit een reeks kleine, donkere cellen. Elke cel was uitgerust met een verscheidenheid aan martelwerktuigen, waaronder rekken, zwepen en duimschroeven. De gevangenen werden vaak uitgekleed en urenlang gemarteld in een poging bekentenissen of informatie over hun religieuze overtuigingen af te dwingen.
Enkele van de meest voorkomende martelmethoden die in de Torre de la Inquisición werden gebruikt, waren:
- Het rek: De gevangene werd vastgebonden aan een houten frame en uitgerekt totdat hun gewrichten ontwrichtten.
- De zweep: De gevangene werd gegeseld met een zweep gemaakt van leer of metalen staven.
- De duimschroeven: De duimen van de gevangene werden verpletterd tussen twee metalen schroeven.
- De waterkuur: De gevangene werd gedwongen grote hoeveelheden water te drinken totdat hij moest overgeven of verdronken.
- Het vuur: De gevangene werd verbrand met hete kolen of fakkels.
De Torre de la Inquisición was een meedogenloze en angstaanjagende plek, en veel van de gevangenen die daar werden gemarteld, stierven aan hun verwondingen. De martelkamer werd uiteindelijk in de 18e eeuw gesloten, maar het blijft een huiveringwekkende herinnering aan de duistere geschiedenis van de Spaanse inquisitie.