In plaats daarvan heeft elke aflevering meestal een andere moordzaak, vaak met een unieke en meeslepende moordenaar. Er zijn terugkerende personages die in meerdere afleveringen als schurken fungeren, maar ze zijn niet de belangrijkste focus van de serie.
Enkele van de meest memorabele terugkerende schurken zijn:
* De Gravedigger: Een seriemoordenaar die zijn slachtoffers begraaft in uitgebreide, rituele graven.
* De poppenspeler: Een seriemoordenaar die zijn slachtoffers manipuleert om zichzelf te doden.
* de Gormogon: Een seriemoordenaar die cryptische berichten en raadsels achterlaat die het team kan oplossen.
De focus van de show ligt in de eerste plaats op de relatie tussen Dr. Temperance Brennan en Special Agent Seeley Booth, en het proces van het oplossen van de mysteries die in elke aflevering worden gepresenteerd.