Na de gebeurtenissen uit de originele anime-serie wordt Mustang getransporteerd naar een alternatieve realiteit, waar hij nu een militaire officier in Duitsland is. Hij wordt achtervolgd door de herinneringen aan zijn tijd in Amestris en mist vooral Hawkeye.
De film laat zien hoe Mustang worstelt met zijn nieuwe leven en verlangt naar zijn oude vrienden, vooral Hawkeye. Hij ontdekt uiteindelijk dat Hawkeye ook naar deze alternatieve realiteit is getransporteerd en naar hem op zoek is. Tegen het einde van de film wordt hij herenigd met Hawkeye, en eindelijk delen ze een moment van rust na alles wat ze hebben meegemaakt.