Terwijl de eerste Balto -film enkele vrijheden nam met de echte gebeurtenissen, introduceert Balto 2 geheel nieuwe personages en verhaallijnen. De film richt zich op Balto's zoon, Kodi, en zijn reis om zijn eigen plek in de wereld te vinden en te leren over zijn wolfsheritage.
Dus hoewel Balto 2 vermakelijk is, is het belangrijk om te onthouden dat het geen feitelijk verslag is van Balto's leven of de gebeurtenissen rond de Nome Serum Run uit 1925.