Nadat hun ouders zijn omgekomen bij een mysterieuze brand, worden de kinderen onder de hoede van hun verre, sinistere familielid, graaf Olaf, geplaatst. Olaf, een sluwe en slechte slechterik, achtervolgt meedogenloos het enorme fortuin van de weeskinderen, terwijl hij plannen maakt en plannen maakt om het in handen te krijgen. Hij vermomt zichzelf en gebruikt verschillende plannen om de Baudelaire-kinderen te ontvoeren, in gevaar te brengen en te manipuleren.
De serie volgt de aangrijpende reis van de weeskinderen terwijl ze proberen te ontsnappen uit de klauwen van Olaf en de geheimen van de dood van hun ouders ontdekken. Ze worden geconfronteerd met een constante stroom van gevaarlijke situaties, van het stranden op een eiland met een giftige slang tot het leven met een groep theateracteurs die net zo bedrieglijk zijn als Olaf.
Tijdens hun avonturen gebruikt Violet haar inventieve geest om gadgets en oplossingen te creëren, gebruikt Klaus zijn uitgebreide leeskennis om puzzels op te lossen en aanwijzingen te ontcijferen, en Sunny is, ondanks haar leeftijd, een felle en intelligente baby die communiceert via een unieke babytaal.
De serie wordt verteld door Lemony Snicket, een auteur die lezers probeert te waarschuwen voor de ongelukkige gebeurtenissen die zich voordoen, waarbij hij het belang van hoop en veerkracht benadrukt, zelfs in tijden van tragedie.
Het overkoepelende mysterie van de dood van de ouders Baudelaire is verweven in de serie, met aanwijzingen en afleidingsmanoeuvres onderweg. De serie onderzoekt thema's als verlies, veerkracht, familie en het belang van de strijd tegen onrecht.
Ondanks het duistere onderwerp is de serie doorspekt met humor en humor, waardoor het zowel vermakelijk als tot nadenken stemmend is. Het daagt jonge lezers uit om de complexiteit van het leven onder ogen te zien en zelfs in de donkerste situaties hoop te vinden.