De bewuste geest is nauw verbonden met de prefrontale cortex, een hersengebied dat betrokken is bij cognitieve functies van hogere orde, zoals aandacht, planning, besluitvorming en zelfbeheersing. De prefrontale cortex is ook verantwoordelijk voor ons vermogen om te redeneren, abstract te denken en oordelen te vellen.
De bewuste geest heeft voortdurend interactie met de onderbewuste geest, het deel van de geest dat buiten ons bewuste bewustzijn opereert. Het onderbewustzijn is verantwoordelijk voor automatische processen zoals ademhaling, spijsvertering en hartslagregulatie, maar ook voor het opslaan van onze herinneringen, gewoonten en aangeleerd gedrag.
De bewuste geest en het onderbewustzijn werken samen om onze gedachten, gevoelens en acties vorm te geven. De bewuste geest is verantwoordelijk voor onze doelbewuste en bewuste acties, terwijl het onderbewustzijn ons gedrag en onze reacties beïnvloedt op manieren waarvan we ons niet altijd bewust zijn.