De climax: De X-Men gaan samen met hun bondgenoten de confrontatie aan met Sebastian Shaw en zijn team van gemuteerde schurken in een laatste confrontatie aan boord van een nucleaire onderzeeër. Erik Lehnsherr (Magneto) zoekt in eerste instantie wraak voor de wreedheden die tegen mutanten zijn begaan, waarbij hij dreigt de kernraketten van de onderzeeër te gebruiken om de wereld te vernietigen.
Het keerpunt: Charles Xavier (professor X) komt tussenbeide, doet een beroep op Erik's menselijkheid en herinnert hem eraan dat hun ware doel is om mutanten te beschermen, en niet om de mensheid te vernietigen. Dit moment van verbinding tussen de twee vrienden keert het tij van de strijd.
De overwinning: De X-Men slagen er, met de hulp van Moira MacTaggert, in om de raketten te ontwapenen en Shaw en zijn team te verslaan.
Het bitterzoete einde: Terwijl ze een tijdelijke overwinning hebben behaald, eindigt de film met een melancholische noot:
* Eriks verraad: Erik voelt zich, ondanks dat hij wordt beïnvloed door de woorden van Charles, nog steeds diep gewond door de vervolging van mutanten en loopt weg om zijn eigen pad te beginnen, wat een mogelijk toekomstig conflict met Charles en de X-Men suggereert.
* Charles' schuldgevoel: Charles blijft diepbedroefd achter door het vertrek van Erik en draagt de last van zijn eigen schuldgevoel over de tragedie van de Cubaanse rakettencrisis, die hij onbewust heeft helpen afwenden, maar ten koste van duizenden levens.
* Een nieuw tijdperk begint: De film eindigt met de vorming van de X-Men als een team dat zich inzet voor de bescherming van zowel mensen als mutanten, maar met een gevoel van onzekerheid over de toekomst en de potentiële dreiging die uitgaat van de groeiende wrok van Erik Lehnsherr.
Het einde laat een vraag achter: Zullen Erik en Charles tegenover elkaar blijven staan, of zullen ze een manier vinden om hun meningsverschillen te overbruggen? Deze vraag vormt de basis voor de toekomst van de X-Men-franchise.