Tijdens de oorlog waren Yahiko, Nagato en Konan getuige van de verschrikkingen van de oorlog en besloten dat ze op een dag een wereld zonder oorlog en pijn zouden creëren. Ze vormden de Akatsuki, een organisatie die zich inzet voor het bereiken van vrede met alle mogelijke middelen.
Aanvankelijk was de Akatsuki een kleine organisatie die zich richtte op het helpen van kleine dorpen en landen die door oorlog waren getroffen. Naarmate de organisatie echter in macht en invloed groeide, begon ze de aandacht te trekken van de grotere shinobidorpen. De dorpen begonnen de Akatsuki als een bedreiging te zien en begonnen actie te ondernemen tegen de organisatie.
Als gevolg van de druk van de dorpen begonnen de Akatsuki te veranderen. Het werd meer gemilitariseerd en begon zich te concentreren op het verkrijgen van macht in plaats van op het bereiken van vrede. De organisatie begon criminelen uit de S-rang te rekruteren en werd steeds meedogenlozer in haar methoden.
Uiteindelijk werd de Akatsuki verslagen door Naruto Uzumaki en zijn vrienden, en de leden ervan werden over de hele wereld verspreid. De erfenis van de Akatsuki leeft echter nog steeds voort en blijft een symbool van de gevaren van extremisme.