Naarmate het verhaal vordert, ontstaan er echter spanningen wanneer een selecte groep varkens hun soortgenoten begint te manipuleren en uit te buiten. Het conflict wordt heviger wanneer de varkens, geleid door het sluwe en autoritaire zwijn Napoleon, de Zeven Geboden – de leidende principes van de boerderij – beginnen te wijzigen om hun eigen belangen te dienen.
Napoleon en zijn medevarkens nemen geleidelijk leiderschapsrollen op zich en vestigen een hiërarchisch systeem dat hen boven de andere dieren plaatst. Dit leidt tot een diepe verdeeldheid binnen de dierengemeenschap, aangezien Napoleon en zijn handlangers genieten van privileges en luxe, terwijl de rest van de dieren zwoegen voor het onderhoud van de boerderij.
Het conflict draait om het streven van de varkens naar macht en de strijd van de andere dieren om de idealen van hun aanvankelijke rebellie in stand te houden. Uiteindelijk wordt Animal Farms verkenning van de uitdagingen bij het bevorderen van echte gelijkheid een kritiek op totalitaire samenlevingen en de corruptie van ogenschijnlijk nobele ideologieën.