Grote antagonisten:
* Magneet: Magneto, de meest iconische X-Men-schurk, is een krachtige mutant met het vermogen om magnetisme te manipuleren. Hij gelooft dat mutanten superieur zijn aan mensen en de wereld zouden moeten regeren, wat vaak botst met de droom van professor X van vreedzaam samenleven.
* Apocalyps: Apocalypse, een krachtige, eeuwenoude mutant met het vermogen om de krachten van anderen te absorberen, probeert de wereld te zuiveren en een nieuwe orde te creëren met hemzelf als heerser.
* Sabeltand: Sabertooth, een woeste en meedogenloze mutant met verbeterde zintuigen, bovenmenselijke kracht en regeneratieve vermogens, is een meedogenloos roofdier en een gezworen vijand van Wolverine.
* Mystiek: Mystique is een meester in vormveranderingen en bedrog en is een ervaren spion en huurmoordenaar die vaak in de schaduw opereert. Ze heeft een complexe relatie met de X-Men en treedt soms op als bondgenoot en soms als meedogenloze vijand.
* De Broederschap van Mutanten: Een groep mutanten onder leiding van Magneto die gelooft dat mensen de vijand zijn en dat mutanten moeten regeren. Deze groep heeft door de jaren heen talloze leden gehad, waaronder Toad, Pyro en Blob.
Andere opmerkelijke tegenstanders:
* Dhr. Sinister: Een briljante maar meedogenloze geneticus, geobsedeerd door het manipuleren van de evolutie van mutanten.
* De Moloch: Een onstuitbare natuurkracht met een enorme kracht en onkwetsbaarheid.
* De Sentinels: Krachtige robots ontworpen om mutanten te jagen en te vernietigen.
* De Hellfire Club: Een exclusieve en krachtige organisatie die mutantenkrachten voor hun eigen doeleinden wil beheersen.
* William Stryker: Een militaire leider die gelooft dat mutanten een bedreiging vormen voor de mensheid en probeert ze te elimineren.
Organisaties:
* AIM (geavanceerde ideemechanica): Een wetenschappelijke organisatie die zich vaak bezighoudt met gevaarlijke technologie en meerdere keren in botsing is gekomen met de X-Men.
* Hydra: Een mondiale terroristische organisatie met een geschiedenis van pogingen om mutante krachten te controleren.
* De zuiveraars: Een fanatieke groep mensen die geloven dat mutanten een plaag voor de wereld zijn.
Het is belangrijk op te merken dat de X-Men gedurende hun lange geschiedenis met veel andere tegenstanders te maken hebben gehad, maar dit zijn enkele van de meest opvallende en terugkerende vijanden. De vijanden van de X-Men weerspiegelen de complexe thema's van vooroordelen, angst en de strijd voor gelijkheid die door de franchise heen verweven zijn.